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如果您的苹果手机自动清除了短信，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、通过iTunes备份恢复：如果您有定期使用iTunes备份手机的习惯，那么您可以通过恢复备份来找回被删除的短信，具体步骤为：在电脑上打开iTunes，选择“恢复备份”，然后选择最近的备份文件，最后等待恢复过程完成。
2、使用iCloud备份恢复：如果您开启了iCloud备份，可以尝试通过iCloud备份恢复短信，在iPhone上，进入“设置”-“通用”-“还原”，然后选择“从iCloud备份恢复”。
3、使用第三方数据恢复软件：如果以上方法无法恢复短信，可以尝试使用第三方数据恢复软件，如EaseUS MobiSaver等，这些软件可以扫描您的设备并尝试找回已删除的短信，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，因此请确保选择可信赖的软件，并仔细阅读相关说明。
4、求助专业人士：如果以上方法均无法恢复短信，建议您前往苹果官方售后服务中心或专业数据恢复机构寻求帮助，他们可能有更高级的数据恢复技术或工具，但请注意，数据恢复的成功率可能因情况而异。
及时采取行动非常重要，因为数据恢复的成功率可能会随着时间的推移而降低，为了防止数据丢失，建议您定期备份手机数据并管理存储空间。